Doktora derecesine yol açacak olan araştırma programı öğrenci ve bir öğretim üyesi tarafından kararlaştırılır. Öğrenci bu derse ikinci dönemin başlangıcından itibaren (en geç üçüncü yarıyıl başlangıcına kadar) kayıt yaptırır ve araştırma programı ve tez yazımı böylece başlamış olur.